话说军统这个机构在1938年正式成立的时候，蒋介石安排了贺耀祖担任局长，戴笠只是副局长，当时很多人觉得这个搭配挺特别，因为戴笠在情报工作上已经干了挺长时间，实际事务基本都由他来抓，贺耀祖更多是挂名在前面。军统成立后，戴笠负责的具体工作包括收集对日情报、组织针对汉奸的行动，还有后来跟美国方面合作建立特种技术合作所，派人潜入日占区搞军事情报收集，这些事在抗日期间一步步推进，军统的网络也逐步扩展到各地和海外一些地方。

戴笠从早年起就参与情报活动，1927年四一二事变前后他在上海租界活动，联络旧识监视各方动向，多次传递书面情报。1928年他受命去山东一带潜入敌占区域，从济南到保定天津北平沿途记录军阀部队部署和调动情况，带回详细报告。1930年他组建调查通讯小组，教成员用暗号和跟踪方法监控不同意见者。1931年九一八事变后小组转向抓捕日本间谍嫌疑人员。1932年复兴社成立后他出任特务处处长，在南京鸡鹅巷总部设计分组结构，负责监听行动和渗透，开训练班教伪装爆破和审讯技能，特务处规模扩大到各大城市设立分部。

1934年他提供情报支持围剿红军行动，导致根据地受损。1935年网络延伸到香港和越南监视侨民。1937年七七事变后转向对日情报，在上海组织游击力量安排炸毁仓库和抢夺军火。1940年军统组织刺杀汪精卫政权高层人员扰乱伪政府运作。1941年珍珠港事件后跟美国海军合作培训间谍对日军后方实施破坏，派人员潜入日占区收集情报协助盟军轰炸。1943年网络扩展到东南亚联络抗日武装。1944年日军豫湘桂战役时军统提前提供预警情报。1945年日本投降后军统参与接收工作抓捕汉奸。1946年3月17日戴笠从北平乘飞机前往南京参加会议，原计划13日起飞后来改到17日，飞机起飞后遇恶劣天气先转向上海无法降落又改飞徐州，途中在南京西郊岱山撞山坠毁机上人员全部遇难，三天后找到遗体，当天是农历二月十三，之后军统由毛人凤接管，戴笠的副局长职位和中将军衔一直没变。

贺耀祖作为局长虽然实际事务不怎么插手，但他在其他岗位上做的不少事跟军统的背景有关联。1937年抗日战争爆发后他任兰州行辕主任兼代理甘肃省政府主席，那段时间指示属下释放红四方面军被捕干部，提供护照和路费支持青年前往延安，同时要求停止搜捕地下组织成员，避免针对进步人士的行动。1938年8月他正式出任军统局长，还兼任军事委员会办公厅主任，但军统的事基本交给戴笠处理，他自己主要精力放在其他军政事务上。

1939年底他出任驻苏联特使，1940年回国后任侍从室主任。1942年他调任重庆市长兼防空司令，在这个位置上继续为一些地下活动提供便利，还在1942年下令放行一架苏联飞机，那架飞机运送药品前往延安因没有许可停在兰州机场，他以侍从室主任名义直接签署命令确保物资转运。抗日胜利后他辞去重庆市长职务，拒绝接受新的军职任命。1946年内战爆发后他前往上海，明确反对继续打仗。1947年他加入孙文主义同盟，1948年联络国民党将领筹备和平起义。

1949年8月13日他在香港联合一批国民党将领发表通电，支持湖南和平解放，随后进入解放区。毛泽东设宴招待，回报了重庆时期的一次会面。新中国成立后他担任中南军政委员会委员兼交通部长，负责铁路公路修建，推动中南地区交通重建工作。1952年后他任中南行政委员会参事室主任，参与政策咨询，在会议上讨论交通规划相关事务。1961年7月16日贺耀祖在北京病逝，享年七十二岁，因为对革命的贡献，骨灰安葬在八宝山革命公墓。