1950年3月1日，台北天色未亮，保密局特务谷正文带人敲开了吴石家的门。时任国民党国防部参谋次长、中将的吴石没有反抗，只匆匆看了妻子王碧奎一眼，就被一同带走。消息震动全岛，吴石是保定军校第三期高材生，成绩第一，战术讲义被印发全校，周至柔、陈诚、顾祝同等一众高官，都是他的学弟旧识。

被捕之初，吴石接连三次给直属上级周至柔打电话，全都无人接听。后来他在狱中递字条，提起早年“汀泗桥之谊”，周至柔依旧没有回应，刻意和此案划清界限。手握大权的陈诚，处境更加微妙，案卷送到他手上，起诉书写明王碧奎涉嫌同谋，建议判刑九年。

在蒋介石严令严查渗透、岛内白色恐怖最严酷的时候，陈诚却提笔批示：家属无涉，暂缓羁押。他把案卷调到自己管辖的警备总部重审，顶住毛人凤的不满，刑期一减再减，从九年到三年，最后定为七个月。他清楚，吴石因蔡孝乾叛变暴露，大局已定，谁也救不了吴石，可他不想再搭上一条妇孺性命。

吴石在狱中受尽刑讯，左眼失明、膝盖重伤，却没有多吐露一字，只留下遗书：凭将一掬丹心在，泉下差堪对我翁。1950年6月10日下午四点半，吴石一身西装、身姿挺拔，在马场町英勇就义，朱枫、陈宝仓、聂曦一同遇难。陈诚没有到场，日记里只留下八个字：念及旧谊，不禁欷歔。

吴石牺牲后，十六岁的吴学成、七岁的吴健成被赶出家门，流落街头，无人敢收留，只有族侄吴荫先冒险收留姐弟二人，领回遗体、年年祭扫。不久，化名“陈明德”的人出现，按月送来生活费，还悄悄打点，让被学校拒收的两个孩子顺利入学，这份资助持续了十六年。王碧奎一家始终不知道对方是谁，而吴石家人后来公开表示，从未收到陈诚的帮助，历史在这里，留下了一道耐人寻味的缺口。