在平定太平军的过程中，咸丰皇帝实际上有些左右为难，他也知道国家军队已经糜烂，根本就无法剿灭太平军，只能依靠曾国藩的地方团练，但问题是，一旦曾国藩为首的汉人的地方团练做大，很有可能造成地方藩镇割据，因此咸丰处于一种左右为难的态势。

因此对于咸丰来说，为了防止湘军的扩张，咸丰就必须将江南的人事权牢牢掌控在自己手里。其中最好的办法也是对于地方督抚职位的任命。而对于曾国藩来说，只有握有地方的实权，也才能更好地筹集粮饷，实现剿灭太平军的计划。

咸丰五年，胡林翼署理湖北巡抚，这是湘系第一个拿到地方督抚实权的人物。同时，湖南因为左宗棠对湖南巡抚骆秉章具有很大影响力，也成为湘军稳固的基地。但两湖有限的资源毕竟不能支撑湘军在外长期作战。湘军只有控制整个东南才能形成统一的战略部署。

在这种情况下，咸丰依靠两江总督何桂清和江南大营对湘军进行遏制，在咸丰的计划中，湘军的任务是搞定长江中游，而肃清下游克复金陵的军功则由江南大营的清军来拿。如此，在战争结束后，湘军就处于可控状态。

但何桂清很无能，咸丰九年年底，太平军集中优势兵力趁机摧毁江南大营。在江南大营被破，主将和春自杀，两江总督的何桂清擅离职守，最后被曾国藩一本参倒押往京师正法。

此时咸丰已经驾崩，慈禧和恭亲王奕䜣主政，于是在咸丰十年四月十九日，慈禧正式命曾国藩为署理两江总督，并以钦差大臣督办江南军务，节制四省军务，就此曾国藩彻底掌控江南的大部分军政资源，这也是慈禧掌权之后为了掌控帝国而不得已的妥协行为。

随着时间推移，满清只能坐视地方坐大的事实而无可奈何，这也是曾国藩之所以能避免“兔死狗烹”的历史命运的核心原因。