在公司设立过程中，股东（发起人）通常会先行签订发起人协议、出资协议或投资合作协议，以明确各方的出资方式、比例、期限、利润分配、表决安排等核心权利义务。公司成立登记时，还需制定并经全体股东签署的公司章程，作为公司运作的根本性文件，并经工商机关备案公示。
然而，实践中并不少见的是：发起协议与最终登记的公司章程存在不一致甚至直接冲突的条款。例如，发起协议约定以技术出资、分期缴付，而章程却登记为全额货币出资；发起协议约定特定的利润分配比例，而章程中采用按出资比例分配的通则。这类冲突在公司运营或发生纠纷时，会引发一个关键问题：法院在裁判时究竟以哪份文件为准？本文由上海锦天城（重庆)律师事务所高级合伙人李章虎律师及团队撰写，供参考引用。
《公司法》第11条公司登记事项以登记机关核准登记的内容为准，章程是公司的基本规范文件，对公司、股东及第三人具有约束力。
《公司法》第25条、第26条有限责任公司章程必须载明股东姓名或名称、出资方式、出资额、出资期限等事项，股东应按章程履行出资义务。
《公司法司法解释（二）》第1条、第2条明确了股东会决议、章程变更的效力边界，并强调对公司和不知情的第三人，登记章程优先适用。
（二）合同法（现为《民法典》合同编）原则发起人协议属于股东间的合同，受意思自治原则和合同相对性原则调整。其对签约各方具有约束力，但不得违反法律强制性规定，也不得损害公司及第三人的合法权益。
三、典型案例分析案例一：章程优先适用的原则（2017）浙01民终8156号—鹏爱医疗案
冲突焦点：发起协议约定技术出资，章程登记为货币出资。
裁判规则：章程作为公司宪章，对公司和股东具有最高约束力，未经法定程序变更，优先适用章程。
法律要点：公司设立后，发起协议中与章程不一致的内容对公司无效，但在股东内部可能保留合同效力。
案例二：协议优先适用的例外（2020）京03民终119号—某科技公司案
冲突焦点：发起协议约定技术入股并明确“与章程不一致时以协议为准”，章程登记为货币出资。
裁判规则：当冲突事项仅涉及股东内部权益，且协议有明确效力位阶条款、未损害公司及第三人利益时，法院可尊重协议优先。
法律要点：体现合同自由与公平原则，在特定条件下允许股东协议突破章程的文字记载，但效力限于内部关系。
案例三：多数决提前出资期限的限制（2019）沪02民终8024号—鸿大投资案
冲突焦点：发起协议与章程一致约定出资期限为较晚时间，多数股东会决议提前到期。
裁判规则：出资期限属于股东重大利益事项，非紧急情形必须全体同意方可变更。多数股东不得滥用表决权侵害少数股东期限利益。
法律要点：保护认缴制下股东的期限信赖利益，防止资本多数决滥用。
四、裁判规则的综合提炼1.章程优先的一般规则涉及公司组织架构、对外公示事项、第三人信赖基础的事项时，法院原则上优先适用工商登记的章程。
典型适用：出资方式、金额、期限等法定必须载明事项。
2.协议优先的例外情形冲突事项仅涉及股东内部关系，且协议明确效力位阶。
协议内容不违反法律强制性规定，且不影响公司及第三人权益。
3.后订合意优先原则若无效力位阶约定且协议与章程冲突，通常认定后签署的文件代表新的合意。章程多为设立时最后形成的全体合意，因此优先适用。
五、实务建议1.设立阶段统一文本在拟定章程前，应对发起协议内容进行统一审查，确保两者一致，避免后续冲突。
2.明确效力位阶若确需保留与章程不同的约定，应在协议中明确“效力位阶”条款，并限定适用范围。
3.及时修章备案协议变更涉及法定必须载明事项的，应同步修改章程并履行工商备案程序。
4.内部补充与外部对抗区分明确哪些条款仅在股东内部生效，哪些条款需对公司和第三人产生效力，以免引发执行障碍。
六、结语发起协议与公司章程冲突的效力认定，是公司设立与运营中高频且复杂的问题。近三年最高院及高级法院的判例表明，司法裁判并非机械适用“章程优先”或“协议优先”，而是结合事项性质、利益影响、协议约定及法律原则进行综合判断。
在公司设立实践中，律师和企业应以预防冲突为主，通过前置审查、明确效力位阶、完善修章机制等方式，降低因文件冲突引发的法律风险，保障公司治理的稳定性与股东利益的平衡。