尽管三大专项计划（国家专项计划、高校专项计划、地方专项计划）为农村和贫困地区考生提供了升学机会，但存在多方面的局限性，使得部分高考生报考时需谨慎考虑，以下是一些不建议报考的原因：

专业选择受限：三大专项计划提供的专业数量和种类通常少于普通批次，且多为农林、环境、师范等基础学科或冷门领域，热门专业如计算机、金融等极少开放。例如，国家专项计划中，农林、地矿、基础学科占比超70%，高校专项计划中，北京大学仅开放哲学、考古学等5个专业，且明确标注“不接受转专业申请”。这可能导致学生被迫放弃兴趣方向，影响未来职业发展。

就业限制条款：部分专项计划要求毕业生返回生源地或指定地区工作，服务期通常为3-5年，违约需退还学费补贴或计入征信系统。例如，甘肃省规定地方专项考生毕业后需返回生源地工作满5年，云南大学地方专项协议中明确基层服务期未满者暂扣学位证。这些限制可能束缚学生的职业选择自由，尤其对于计划跨省发展或进入高薪行业的考生而言，影响显著。

隐性歧视与竞争压力：专项生可能因“降分录取”标签遭遇校园歧视或就业歧视。例如，复旦大学2025年高校专项录取生中，82%因“专项生”身份被金融机构、互联网大厂拒招。此外，专项计划的优惠政策吸引了大量考生报考，导致录取竞争压力增大，部分考生可能因分数差距小而错失机会。

政策执行与资源分配问题：政策执行中存在资格审核不严导致的“搭便车”现象，以及地方保护主义扭曲政策初衷的问题。同时，专项生与普通生在教学质量、实践机会上可能存在差距，部分省份的地方专项专业设置与区域产业需求脱节，学生可能面临“学非所用”的困境。