从故事的叙述方式和情节的设定来看，这部电影与《兴安岭猎人传说》的故事，简直是如出一辙！以神话传说、传统民俗为线索，以多条线索串联，层层递进，将真实一点一滴地揭开，而这件案子的真相，却是远超妖魔鬼怪！因为电影的主线实在是太多了，而且都是在记忆和真实之间进行的，我们就从神的角度来描述这个故事。夜行人中，白小白是七子社团的成员，七子社团的宗旨就是除恶务尽，听说骨头镇在西北荒村发生了很多诡异的事情，这些年来，村子里的人都活得很惨，每天都要呕吐，每个人都是皮包骨头，精神萎靡不振，生病的人更是会产生精神错乱，所以这座叫古楼镇的小镇，就被邻镇的人称为骨头镇！为了弄清楚事情的原委，白小白无视了那个老山羊的劝说，打着采集药材的幌子，来到了骨头镇！
然而，当白小白抵达榛子树林时，却发现一头名为“黑瞎子”的奇异凶物，在三更猎人的帮助下，得以逃脱。白小白一口咬定，这些人都是患了某种奇怪的疾病，而不是传说中的神仙降祸。很多年前，村主任的妻子在生产的前一天晚上，被一条毒蛇给咬了一口。一气之下，城主到处猎捕毒蛇，结果被毒蛇活活的打了个半死。从那以后，古楼镇就爆发了一场诡异的瘟疫，所有人都说，古楼镇之所以会被仙家降罪，是因为镇长惹恼了“柳仙”。如今，市长千金成为了新的市长，可民众心里都有一根针，根本就没把她放在眼里！
为了证实众人都是病入膏肓，所以，白小白打算给他们看病，在五更的协助下，他瞄准了豆腐店的老板，碾子，这位碾子曾经是前任市长的仆人，从来没有信过什么鬼话。眼看着就要得手，却被一名黑袍人给抢了过去。三更认识那个黑袍人，那个“黑瞎子”一现身，便会一直跟随，可等他们将其制服后，却发现此人竟然就是死去五年之久的三更之父，骨头镇的孙老海！
孙老海与老碾子之间的冲突，让他想起了一段很久以前的事情！当初镇长的姐姐英子丧夫新寡，就把自己的两个小女和一个刚刚生下的儿子送回了古楼镇，结果被人说英子母子三人是灾星，要是让他们活下去，古楼镇的好风水就毁了，于是大家纷纷鼓动“神婆”张二姑，让镇里把这三个灾星给“处理”了！为了稳住自己的位置，为了解决这件事情，他最终还是让孙老海出手，将姐姐的孩子给宰了，这样才能平息民众的怒火。
而对英子倾心的老磨坊得到了风声，事先把英子给放了出来，不料孙老海趁夜追赶英子，经过一场恶战，英子被误伤，而幼子也掉下了山崖。孙老海本来是打算牺牲自己的小儿子来保护英子的，没想到却惹来这么大的麻烦，他为了弥补自己的过错，就把英子的小丫头给卖掉了，还给自己取了个名字叫三更！村主任突然得知这个消息，伤心欲绝，自杀身亡，他的家人怕他的所作所为会影响他的名声，所以才会说他是被毒害致死的！
而那个掉进峡谷的小男孩，则是由一只凶猛的动物所养，多年之后，他就成为了人们所说的“黑瞎子”，事实上，他就是三更的哥哥！孙老海在看到瞎子的时候就认出了他，所以他不得不装死，想要秘密的调查他的下落。而在老磨子看来，害死英子的凶手就是古楼镇的人，于是这些年来，他们在豆腐中下了蛇的毒药，险些让古楼镇覆没。凡夫俗子，鬼魂皆有之，这次的杀戮，既是因为社会风气的原因，也是因为人性的贪婪！最终，老碾子和孙老海都后悔了，为了孙老海，老碾子牺牲了，孙老海为了拯救瞎眼的孩子，牺牲了自己的生命，从此，骨头镇变成了古楼镇！
