电视剧《剥茧》终于迎来大结局，齐思哲发现警方在制毒实验室搜到的药物研究资料上，笔记字迹竟然和自己最敬重的老师一模一样。为了验证心中的猜想，齐思哲找到老师试探，结果吴永昌称自己并不知情。

齐思哲有备而来，早已查到师母没有出国，老师骗了自己，吴永昌眼看瞒不住，只好带齐思哲来疗养院见了师母。原来，师母患上了抑郁症，严重到曾吞药自杀。由于医生开的药没有效果，救妻心切的老师最终萌生了大胆的想法，试着自己研究药物。

但老师称自己从未制过毒，毕竟学生李明就是被毒品害死的。齐思哲还打听到，最近的确有可疑人员找过老师，说要给他提供实验室，但他当即拒绝了，而那个人正是警方最近在查的毒贩。韩队当即派人去保护吴永昌，不料人突然消失了，家里出现的他和妻子的血迹，证明他们很可能被毒贩绑架。

为了尽快捣毁制毒集团，齐思哲提出一计引蛇出洞，故意向媒体展示当年原钻案的缴获成果，其中就包括当年毒师的制毒笔记，而制毒集团正寻找里面的分子式，从而完成新型毒品的制造。果不其然，毒贩主动联系了齐思哲，以老师的性命相要挟，逼他交出笔记。

齐思哲以身入局，终于见到了制毒集团藏得更深的总基地。为了研究，他们竟用活人做实验。被绑来这里的老师苦苦恳求齐思哲先想办法救师母，而齐思哲在交出分子式时，悄悄留下了制毒工厂附近的泥土。不久后，赶来的韩队立刻将泥土带回检测，确认其含有毒品成分，可能在水库附近，从而展开搜索。

与此同时，齐思哲故意留有一手，关键的那一页，他并未交出，而是要求毒贩先放了无辜的人，可毒贩怎会听他摆布，立马将枪口对准他的老师。然而齐思哲早已看破，老师就是制毒集团新的毒师。他已经查到师母吃的药就是新型毒品，显然老师是发现师母已经上瘾。

吴永昌被揭穿后，赶忙解释自己都是被迫的，可毒贩没心情听两人掰扯，当即押来师母威胁齐思哲交出东西。齐思哲只好将其写下，内容转瞬就到了吴永昌手中。这时的吴永昌对刚刚拿枪指着他的毒贩呼来喝去，原来他才是制毒集团的老大。

他将新配方完成的消息告诉中间人，殊不知此人已被警方控制。很快，韩队就扮作毒贩头子诺莎去和制毒集团见面。在齐思哲的提醒之下，他知道自己很快就会被认出来，于是立刻发布坐标信号，外面的警方立即展开行动，目标是营救人质并歼灭制毒工厂。

见到被手下绑住的韩队，吴永昌还没演够。不曾想，韩队已然看破一切，原钻和新型毒品都是他在操纵，甚至韩队的妹妹，也就是齐思哲的女友小菲，当年也是被他害死的。他不顾学生的阻拦，一错再错的给韩队注射了新配方毒品。

不过好在韩队并未出事，就在这时，警方的支援终于赶到，吴永昌带着妻子仓皇逃离。就当妻子劝他一起去自首时，集团里与他有仇的小弟却突然一枪打中了他的妻子，因果报应在此刻具象化。当男人再次动手，赶来的齐思哲及时开枪将其击倒。而吴永昌听了妻子临死前的再三劝告，回想起自己杀了小菲，害了最信任自己的学生，终于在最后一刻回头醒悟，没有引爆埋在这里的炸药。

故事的最后，特大贩毒案得以侦破，吴永昌等主犯均被判处死刑，齐思哲和韩队的心结终于解开。