1871年，左宗棠把宁夏匪首马化龙一家三百多口全宰了，这事在当年西北地界炸了锅，马化龙出身宗教世家，在金积堡就是土皇帝，手里有粮有枪还捐了官。
1871年1月，金积堡已经不像一座能继续守下去的堡寨了。粮食快吃光，外围据点一个接一个丢掉，援兵进不来，里面的人也越来越撑不住。就在这种情况下，马化龙把自己绑起来走出堡门，于1月6日向刘锦棠乞降。
可谁也没想到，这一次投降并没有换来马化龙的性命。
清军接管金积堡后继续搜查，发现里面还藏着相当数量的枪械。此前马化龙已经表示愿意交出武器，如今又搜出军械，事情的性质立刻变了。再把过去几年反复降而复起的旧账翻出来，左宗棠已经不准备再给他第三次机会。
马化龙是哲合忍耶第五代教主，当地人称“十三太爷”。父亲马以德此前主持教务，等到马化龙接手时，这个家族在宁夏一带已经拥有相当深的影响。马化龙自己又会经营，务农、经商，积累了不少田产和粮食，还通过捐纳得到过千总这样的武职。
于是，金积堡渐渐变得很特殊。
这里既有粮仓，也有人马，还有堡寨、沟渠和能够迅速调动起来的教众。平常看，它是一片地方势力盘根错节的聚居区；一旦进入战争状态，粮食、人员、武器马上就能集中起来。1862年西北战乱扩大以后，金积堡很快成了宁夏方向最重要的武装中心之一。
马化龙其实不是一直公开与清廷对抗。
1866年，他曾经向清廷请降，还改名马朝清，并获得提督衔等名义上的待遇。问题在于，这次归顺没有彻底解决金积堡的武装问题。当地原有的组织、堡寨和军事力量依然存在，而且金积堡仍与其他武装保持联系。
这也埋下了后面的祸根。
左宗棠接手陕甘军务以后，没有马上扑向宁夏。他很清楚，西北不是派一支军队冲过去就能解决的地方。陕西、甘肃、宁夏几处战场彼此连着，军粮又要从很远的地方运来，一旦运输线被截断，再能打的部队也会被拖垮。
所以他的办法是逐段清理。
先稳住陕西，再把军队往甘肃、宁夏推。1869年，刘松山率军经陕北、花马池方向逼近宁夏，目标越来越明确：必须拔掉金积堡。
真正开打以后，清军才发现这块骨头比想象中更硬。
金积堡并非孤零零的一座城。周围分布着不少堡寨，渠道、村庄和防御工事互相连接。清军如果直接往中心冲，很容易遭到侧面攻击。刘松山采取的办法，是先夺外围堡寨，再逐步压缩马化龙能够活动和取得粮食的范围。
这场仗因此打得非常慢。
清军一边推进，一边修营垒、截道路、断粮道。马化龙一方也不断反击。双方争夺的往往不是一座大城，而是一个寨门、一条水渠、一段道路。看着不起眼，背后争的却是谁还能继续把粮食和弹药送进去。
1870年，战局突然出现重大变化。
刘松山在进攻金积堡外围马五寨等据点时中弹，伤重身亡。刘松山是左宗棠在西北非常倚重的将领，他这一死，清军内部要求彻底解决金积堡的情绪更强。随后接管这支部队的，是刘松山的侄子刘锦棠。
刘锦棠没有因为叔父阵亡就急着猛冲。
他继续执行围困办法，把金积堡外围一层层剥掉。时间拖得越久，马化龙面临的问题越严重。堡里粮价不断上涨，牲畜、存粮逐渐耗尽，一些无法继续支撑的人被放出堡外，整个防御体系开始松动。
到1870年冬天，局面已经十分清楚：金积堡继续守下去，只剩时间问题。
马化龙最终选择出降。他原本或许还希望像1866年那样，通过归顺保住自己和家族。但此时的条件已经完全不同。第一次请降时，清军尚未彻底控制宁夏；这一次，外围据点已经被拔掉，金积堡也没有继续讨价还价的本钱。
更关键的是，清军随后搜出的枪械，让左宗棠认定马化龙并没有彻底解除武装。
到了同治十年正月，马化龙与儿子马耀邦被处死。马氏一家随后遭到极严厉的株连，后来的记载中常见“一家八门三百零二口”的说法。围绕马化龙建立起来的核心家族力量，也由此遭到毁灭性打击。
但金积堡倒下，并不代表西北战事马上结束。
1871年以后，左宗棠还要继续面对河州、西宁和肃州方向的武装。直到1873年前后，持续十余年的陕甘大规模战事才逐渐收束。换句话说，马化龙只是这盘大棋里非常关键的一块，却不是最后一块。
左宗棠真正担心的，是更远的西面。
当时新疆部分地区已经落入阿古柏势力控制，沙俄又占据伊犁。如果甘肃、宁夏后方始终存在能够聚兵、储粮并影响交通线的武装中心，清军根本无法放心大规模向新疆调兵。金积堡被解决后，西进道路上的一个重要隐患才算被拔掉。
这也是为什么几年以后，刘锦棠的名字又出现在新疆战场上。1875年，左宗棠受命督办新疆军务；1876年清军开始大规模西进。此前在金积堡围城、断粮、组织运输时形成的经验，被继续用在更漫长的西征中。
马化龙最终输掉的，不只是金积堡的一场围城战。
他依靠宗教影响、家族财富、堡寨体系和地方武装，在清廷力量薄弱的时候建立起一个很难被外部控制的中心。可这种力量越集中，等清军完成陕西方向的部署、能够腾出主力北上时，金积堡也就越不可能被留下。