驻日美军普天间基地搬迁问题根源在于美日同盟权力与责任不对等。美国以自身战略优先，把解决责任推给日本。跑道长度是直接导火索，普天间现有跑道约2700米，新基地设计为两条各约1800米的V字形跑道，美方称会致特定大型军机起降困难。美国国防部声明在选定替代长跑道前不返还基地，还把找替代跑道责任推给日本，让日本陷入两难。 此外，美日同盟有结构性矛盾，冲绳民众和日本其他地区民众大多不满美军基地集中在冲绳。冲绳面积不到日本1%，却集中70%驻日美军专用设施，驻日美军超一半驻扎于此，美军基地常给当地带来麻烦。