在教育神宗皇帝的问题上，李太后与张居正的目标是一致的，都是为了培养一代明君而不辞辛劳。李太后对小皇帝的教导十分严格。据说，每次皇帝不用心读书，李太后便会责令他一直跪在地上。在皇帝上早朝的那天，李太后在五更时分便亲自到皇帝就寝的地方，让人服侍皇帝更衣上早朝。另外，因为隆庆皇帝沉迷于女色，所以为了避免小皇帝重蹈覆辙，李太后下令，小皇帝身边的侍女全部是三十岁以上的宫女。每次在小皇帝听完讲课之后，李太后都要小皇帝将课程内容叙述一遍。 史料中记载，有一次，年少的皇帝偷偷喝了酒，醉酒后命令内侍唱歌给他听。由于内侍不会唱歌，小皇帝勃然大怒，拿起剑来就要砍他。在左右近侍百般劝解下，最后小皇帝将内侍的头发割了下来，算是已经“斩首”了。后来，这件事被李太后知道了，非常生气，她令小皇帝在地上跪了很久以反思自己错在哪里。小皇帝一遍遍地请求给自己机会改正，这件事才算了结。 还有一次，太监孙海诱导皇帝喝酒，皇帝在喝醉的情况下，让他将大太监冯保的养子打伤并骑马直接冲向冯保的住所。第二天，冯保找李太后哭诉，李太后便毫不犹豫地换上了青布衫，然后摘去了一切首饰，并下旨命内阁大臣通知太庙废去万历皇帝。小皇帝听说后非常害怕，立即去找太后请罪。可是太后的意思非常坚决，不过，在万历皇帝哭诉很久后，李太后终于决定饶恕他。由此，我们能看出李太后为了培养一个有为之君的良苦用心。