第二次英荷战争期间，海战的次数虽然大幅度减少，但规模更大了。双方主要是以海军主力决战的形式、力图按照战列线战术作战来夺取制海权。由于炮火的改进和射程以及杀伤力的提高，使得双方在海战中的损失大大提高。战场主要是在英吉利海峡和北海地区，战争进程通常可以分为3个阶段。第一阶段（1665年6月～12月）阶段特点：英国海军占据优势。 英荷两国宣战后，并未立即投入战斗。主要原因是当时处于冬季，天气条件不利于海战，故直到春季来临后才正式交战。 肆虐于14-15世纪的黑死病（即鼠疫）在1664-1665年间又卷土重来，再度侵入英国。半年内由伦敦的西区扩及东区。从1665年5月至9月，伦敦死亡人数由43人迅速发展到31159人，增加了724倍！夏季发作，9月后开始流行，死亡人数剧增。据说伦敦人口的1/4、约10万人死于这场灾难。这使得英国国内一片混乱。