朱棣称帝后，小舅子徐辉祖拒绝臣服，将自己关在祠堂，跪在父亲徐达牌位前哭泣。朱棣大怒，对皇后徐氏说：“我是真想杀了你弟弟。” 徐辉祖是徐达的长子，原名徐允恭，后来因避建文帝朱允炆的名讳而改名。徐达病死后，徐辉祖承袭了魏国公的爵位。 洪武二十六年，凉国公蓝玉案发，牵连甚广，朝堂上下人人自危。当时徐辉祖正在陕西练兵，不仅未受任何牵连，反而被朱元璋召回京城，负责中军都督府事务。 洪武三十一年，朱元璋临终前特意命徐辉祖镇守南京金川门，将京城的咽喉要地托付给他，可见对他的信任程度。 徐家和皇室的关系很深，徐达的长女嫁给了燕王朱棣，也就是后来的徐皇后；次女嫁给了代王朱桂；三女嫁给了安王朱楹。 朱元璋死后，朱允炆登基，是为建文帝。朱允炆强力削藩，引来了朱棣在北平起兵，靖难之役爆发。 朱允炆任命长兴侯耿炳文为大将军，率军北伐。但这位以“善于防守”闻名老将显然不是朱棣的对手，在滹沱河之战中大败而归。 消息传到南京，朱允炆慌了手脚，改命曹国公李景隆接替耿炳文。 这个决定让徐辉祖忧心忡忡。他深知李景隆虽出身将门（李文忠之子），却只会纸上谈兵。果然，李景隆率领五十万大军围攻北平，却被朱棣的长子朱高炽凭借少量兵力死死拖住，最终在郑村坝遭遇朱棣回援，全军溃败。 徐辉祖主动向朱允炆请缨出征，获准后率领三万人马驰援前线， 建文三年三月，燕军南下至安徽宿州，徐辉祖利用地形优势设下埋伏，大败燕军，斩杀燕军悍将李远、谭渊，这是靖难之役中明军少有的大胜。燕军上下士气低落，朱棣甚至一度想退回北平休整。 就在这战局即将逆转的关键时刻，南京城里却传来了要命的流言。有人向朱允炆进谗言，称徐辉祖故意保存实力，因为朱棣是他的姐夫。 朱允炆听闻此言立刻下令召回徐辉祖，前线将士得知主帅被调回，军心涣散。朱棣抓住这个机会发动反攻，在灵璧大败明军。 徐辉祖在南京得知战败消息，气得捶胸顿足，却无力回天。 其实朱允炆对徐辉祖的猜忌并非毫无缘由。当时徐家内部确实存在分歧，徐辉祖的弟弟徐增寿就暗中支持朱棣，多次向燕军传递南京的军情。后来朱允炆察觉此事，将徐增寿斩杀在皇宫左顺门。 建文四年六月，朱棣率军渡过长江，兵临南京城下。负责镇守金川门的谷王朱橞和李景隆不战而降，打开城门迎接燕军入城。 当燕军潮水般涌入南京时，徐辉祖没有选择逃亡，也没有选择投降，而是带着几个忠心的家仆，径直走进了位于府内的徐达祠堂。 这座祠堂是朱元璋亲自下诏修建的，里面供奉着徐达的牌位和画像，梁柱上雕刻着徐达平定四方的战功浮雕。 徐辉祖跪在父亲的牌位前，失声痛哭起来。 此时的南京城已乱作一团。朱棣进城后，立刻派人控制皇宫，同时下令搜捕建文旧臣。齐泰、黄子澄、方孝孺等大臣相继被捕，一场大规模的清算即将开始。 接下来的几天，南京城里风声鹤唳，许多建文旧臣见势不妙，纷纷改换门庭。唯有徐辉祖，始终坚守在祠堂里。 朱棣登基后不久，终于忍无可忍，下令将徐辉祖打入锦衣卫大牢，听候发落。 消息传到后宫，徐皇后心急如焚，她知道自己的弟弟脾气倔强，更知道朱棣在清算建文旧臣时的狠辣，便穿着素服去求情。 朱棣看着跪在地上的徐皇后，脸色复杂。朱棣的几个儿子，全是徐皇后所生，后来徐皇后病死后，朱棣再未册封皇后，可见两人感情之深。 有徐皇后求情，朱棣只能放弃了严惩徐辉祖的打算，下令将其从狱中放出，幽禁于府中。 这个决定出乎许多人的意料，这其中既有徐皇后求情的因素，也有朱棣的考量，他需要通过这件事向天下人展示，自己并非嗜杀之人。 当锦衣卫将朱棣的决定告知徐辉祖时，他面无表情。他既没有感谢皇恩浩荡，也没有表现出任何悔意，只是平静地跟着侍卫回到了被监视的府中。 被幽禁的日子里，徐辉祖过着近乎与世隔绝的生活，他每天除了读书练字，就是在祠堂里静坐。有时会对着父亲的牌位喃喃自语，有时会拿出书籍仔细研读。 朱棣虽然幽禁了徐辉祖，却并未完全剥夺他的生活待遇。俸禄依旧按时发放，府中的下人也都留用。 在朱棣的心中，对自己的这个不听话的小舅子有着复杂的情感，他知道徐辉祖的忠诚并非虚伪，只是这份忠诚不属于自己。 永乐五年，徐皇后病重。临终前，她再次向朱棣求情，希望能赦免徐辉祖。朱棣看着弥留之际的妻子，最终点头答应。 但令人意外的是，当赦免的旨意送到中山王府时，徐辉祖却拒绝接受。他对传旨的太监说：“臣罪该万死，蒙陛下不杀之恩已属侥幸，不敢奢求赦免。” 这份执拗，让朱棣既无奈又敬佩。 耐人寻味的是，再徐皇后死后没多久，徐辉祖也死在了府中。徐辉祖之死，疑云重重，有自杀说，也有说是被朱棣派人毒死的。 徐辉祖死后，朱棣命其长子徐钦继承魏国公的爵位，徐家之后继续受到恩宠。
