孙传庭是代州人，万历朝的进士。考中之后在朝里做了几年官，后来实在看不惯魏忠贤那一套，辞官回了老家。这一闲就是十几年。崇祯八年，朝廷缺人，重新起用他，先派到边境，没多久又调去陕西。那一年他四十出头，半辈子没碰过兵符，要去剿当时最乱的流寇。
陕西的烂，是积出来的。连年大旱，饿殍遍野，活不下去的人只能落草。高迎祥、李自成、张献忠，都是这时候起的势。崇祯八年，这帮人闹到了顶点，十几家、七十二营在荥阳会盟，紧接着打下凤阳，把明朝皇家的祖坟烧了——那是建国以来最丢脸的事。朝廷派去的人，剿了又反，陕西像个漏勺，兵力填进去就漏。
崇祯八年接手陕西后，他没急着追着流寇跑。他先补自己的漏勺：设卡、屯田、练新军。练出来的那支兵叫秦军，纪律严、粮饷自己筹、不扰民。有了这支兵，他才敢正面干。
崇祯九年，高迎祥想从汉中走子午谷北上。孙传庭早算准了这条路，在黑水峪设下埋伏。高迎祥的部队一进山谷就被前后夹击，连打几天冲不出来，连同手下一批头目全被活捉，押送京城。高迎祥是当时资格最老的"闯王"，连他都栽了，朝廷一下子有了底气。
这一胜来得格外关键。同一年，清军从北边打进长城，一路逼到京师附近，明军不得不调兵北上勤王，顾不上流寇这一头；负责大局的督师主的是招抚，想靠劝降了事，结果降了又反，前功尽弃。就在朝廷处处吃紧的时候，孙传庭在陕西打出了唯一一场干净利落的胜仗，西北局势为之一振。
高迎祥死后，"闯王"的旗号落到了他外甥李自成头上。崇祯十一年，李自成带兵打陕西，孙传庭在潼关南原摆开阵势等他。这一仗把李自成围得严严实实，人马几乎打光，最后只带十八个骑兵拼死突围。这是李自成起事以来败得最惨的一次，此后好几年，史书上几乎见不到他的名字。
崇祯十一年，潼关南原大胜之后，流寇被死死按住，可朝廷的思路变了。兵部尚书杨嗣昌主张十面张网围剿，但更想招抚，不愿再打。孙传庭是主战派，认准要趁胜彻底剿灭。两人吵得不可开交，杨嗣昌背后有崇祯撑腰，孙传庭争不过。
崇祯十一年底，孙传庭以"托病推辞"的罪名被逮捕，关进诏狱，一关就是三年。他刚把陕西收拾干净，仗还没打完，人先没了。秦军散的散、调的调，流寇很快又抬头。后来的人再想复制他那一套，已经没了那个环境，也没了那支兵。